Faktúry sa budú vystavovať, odosielať a prijímať v štruktúrovanom elektronickom formáte, ktorý umožňuje ich automatické spracovanie. Formát musí byť v súlade s európskou normou EN 16931 a slovenskými požiadavkami siete Peppol.
Používať sa bude formát Peppol BIS Billing 3.0 založený na dátovej štruktúre UBL 2.1.